ÍÎÌÅÍÊËÀÒÓÐÀ ÔÅÐÌÅÍÒÎÂ
Ôåðìåíòîëîãèÿ î÷åíü äîëãî íå ðàñïîëàãàëà
ñòðîãî íàó÷íîé íîìåíêëàòóðîé ôåðìåíòîâ.
Íàèìåíîâàíèÿ ôåðìåíòàì äàâàëè ïî ñëó÷àéíûì
ïðèçíàêàì (òðèâèàëüíàÿ íîìåíêëàòóðà), ïî
íàçâàíèþ ñóáñòðàòà (ðàöèîíàëüíàÿ), ïî
õèìè÷åñêîìó ñîñòàâó ôåðìåíòà, íàêîíåö, ïî òèïó
êàòàëèçèðóåìîé ðåàêöèè è õàðàêòåðó ñóáñòðàòà.
Ïðèìåðàìè òðèâèàëüíîé íîìåíêëàòóðû ìîãóò
ñëóæèòü íàçâàíèÿ òàêèõ ôåðìåíòîâ, êàê ïåïñèí (îò
ãðå÷. ïåïñèñ — ïèùåâàðåíèå), òðèïñèí (îò ãðå÷.
òðèïñèñ — ðàçæèæàþ) è ïàïàèí (îò íàçâàíèÿ äûííîãî
äåðåâà Carica papaja, èç ñîêà êîòîðîãî îí âûäåëåí). Ïî
äåéñòâèþ âñå ýòè ôåðìåíòû ÿâëÿþòñÿ
ïðîòåîëèòè÷åñêèìè, ò. å. óñêîðÿþò ãèäðîëèç
ïðîòåèíîâ (áåëêîâ). Õàðàêòåðíîå íàçâàíèå áûëà
äàíî ãðóïïå îêðàøåííûõ âíóòðèêëåòî÷íûõ
ôåðìåíòîâ, óñêîðÿþùèõ
îêèñëèòåëüíî-âîññòàíîâèòåëüíûå ðåàêöèè â
êëåòêå, — öèòîõðîìû (îò ëàò. citos — êëåòêà è chroma —
öâåò).
Íàèáîëüøåå ðàñïðîñòðàíåíèå ïîëó÷èëà
ðàöèîíàëüíàÿ íîìåíêëàòóðà, ñîãëàñíî êîòîðîé
íàçâàíèå ôåðìåíòà ñîñòàâëÿåòñÿ èç íàçâàíèÿ
ñóáñòðàòà õàðàêòåðíîãî îêîí÷àíèÿ — àçà. Îíà áûëà
ïðåäëîæåíà áîëåå ñòîëåòèÿ òîìó íàçàä, â 1883 ã. Ý.
Äþêëî — ó÷åíèêîì Ë. Ïàñòåðà. Òàê, ôåðìåíò,
óñêîðÿþùèé ðåàêöèþ ãèäðîëèçà êðàõìàëà, ïîëó÷èë
íàçâàíèå àìèëàçà (îò ãðå÷. àìèëîí — êðàõìàë),
ãèäðîëèçà æèðîâ — ëèïàçà (îò ãðå÷. ëèïîñ — æèð),
áåëêîâ (ïðîòåèíîâ) — ïðîòåàçà, ìî÷åâèíû — óðåàçà
(îò ãðå÷. óðåà — ìî÷åâèíà) è ò.ï.
Êîãäà ìåòîäàìè àíàëèòè÷åñêîé õèìèè áûëè
äîñòèãíóòû èçâåñòíûå óñïåõè â ðàñøèôðîâêå
õèìè÷åñêîé ïðèðîäû ïðîñòåòè÷åñêèõ ãðóïï,
âîçíèêëà íîâàÿ íîìåíêëàòóðà ôåðìåíòîâ. Èõ ñòàëè
èìåíîâàòü ïî íàçâàíèþ ïðîñòåòè÷åñêîé ãðóïïû,
íàïðèìåð, ãåìèíôåðìåíò (ïðîñòåòè÷åñêàÿ ãðóïïà —
ãåì), ïèðèäîêñàëüôåðìåíò (ïðîñòåòè÷åñêàÿ ãðóïïà
— ïèðèäîêñàëü) è ò.ï.
Çàòåì â íàçâàíèè ôåðìåíòà ñòàëè óêàçûâàòü êàê
íà õàðàêòåð ñóáñòðàòà, òàê è íà òèï
êàòàëèçèðóåìîé ðåàêöèè. Ê ïðèìåðó, ôåðìåíò,
îòíèìàþùèé âîäîðîä îò ìîëåêóëû ÿíòàðíîé êèñëîòû,
íàçûâàþò ñóêöèíàòäåãèäðîãåíàçîé, ïîä÷åðêèâàÿ
ýòèì îäíîâðåìåííî è õèìè÷åñêóþ ïðèðîäó
ñóáñòðàòà, è îòíÿòèå àòîìîâ âîäîðîäà â ïðîöåññå
ôåðìåíòàòèâíîãî äåéñòâèÿ.
 1961 ã. Ìåæäóíàðîäíàÿ êîìèññèÿ ïî íîìåíêëàòóðå
ôåðìåíòîâ ïðåäñòàâèëà V Ìåæäóíàðîäíîìó
áèîëîãè÷åñêîìó êîíãðåññó ïðîåêò íîìåíêëàòóðû,
ïîñòðîåííûé íà ñòðîãî íàó÷íûõ ïðèíöèïàõ. Ïðîåêò
áûë óòâåðæäåí êîíãðåññîì, è íîâàÿ íîìåíêëàòóðà
ïðî÷íî âîøëà â ôåðìåíòîëîãèþ. Ñîãëàñíî ýòîé
(Ìîñêîâñêîé) íîìåíêëàòóðå íàçâàíèå ôåðìåíòîâ
ñîñòàâëÿþò èç õèìè÷åñêîãî íàçâàíèÿ ñóáñòðàòà è
íàçâàíèÿ òîé ðåàêöèè, êîòîðàÿ îñóùåñòâëÿåòñÿ
ôåðìåíòîì. Åñëè õèìè÷åñêàÿ ðåàêöèÿ, óñêîðÿåìàÿ
ôåðìåíòîì, ñîïðîâîæäàåòñÿ ïåðåíîñîì ãðóïïèðîâêè
àòîìîâ îò ñóáñòðàòà ê àêöåïòîðó, íàçâàíèå
ôåðìåíòà âêëþ÷àåò òàêæå õèìè÷åñêîå íàèìåíîâàíèå
àêöåïòîðà.
Íàïðèìåð, ïèðèäîêñàëüôåðìåíò, êàòàëèçèðóþøèé
ðåàêöèþ ïåðåàìèíèðîâàíèÿ ìåæäó L-àëàíèíîì è
a-êåòîãëóòàðîâîé êèñëîòîé, íàçûâàåòñÿ L-àëàíèí:
2-îêñîãëóòàðàò àìèíîòðàíñôåðàçà. Â ýòîì íàçâàíèè
îòìå÷åíû ñðàçó òðè îñîáåííîñòè: 1) ñóáñòðàòîì
ÿâëÿåòñÿ L-àëàíèí; 2) àêöåïòîðîì ñëóæèò
2-îêcîãëóòàðîâàÿ êèñëîòà; Ç) îò ñóáñòðàòà ê
àêöåïòîðó ïåðåäàåòñÿ àìèíîãðóïïà.
Íàçâàíèÿ ôåðìåíòîâ ïî íàó÷íîé íîìåíêëàòóðå
íåèçìåðèìî âûèãðûâàþò â òî÷íîñòè, íî ñòàíîâÿòñÿ
â ðÿäå ñëó÷àåâ ãîðàçäî ñëîæíåå ñòàðûõ,
òðèâèàëüíûõ. Òàê, óðåàçà (òðèâèàëüíîå íàçâàíèå),
óñêîðÿþùàÿ ðåàêöèþ ãèäðîëèçà — ìî÷åâèíû íà
îêñèä óãëåðîäà (IV) è àììèàê, ïî íàó÷íîé
íîìåíêëàòóðå èìåíóåòñÿ êàðáàìèä —
àìèäîãèäðîëàçîé.
 ýòîì íàçâàíèè äàíî òî÷íîå õèìè÷åñêîå
íàèìåíîâàíèå ñóáñòðàòà è óêàçàíî, ÷òî ôåðìåíò
êàòàëèçèðóåò ðåàêöèþ ãèäðîëèçà àìèäîãðóïïû.
Òðåãàëàçà, óñêîðÿþùàÿ ðåàêöèþ ãèäðîëèçà
òðåãàëîçû, íàçûâàåòñÿ
òðåãàëîçà-1-ãëþêî-ãèäðîëàçîé.
 ñâÿçè ñî çíà÷èòåëüíûì óñëîæíåíèåì íàó÷íûõ
íàçâàíèé â íîâîé íîìåíêëàòóðå äîïóñêàåòñÿ
ñîõðàíåíèå íàðÿäó ñ íîâûìè ñòàðûõ òðèâèàëüíûõ,
ðàáî÷èõ íàçâàíèé ôåðìåíòîâ. Ìåæäóíàðîäíîé
êîìèññèåé áûë ñîñòàâëåí äåòàëüíûé ñïèñîê âñåõ
èçâåñòíûõ â òî âðåìÿ ôåðìåíòîâ, ñóùåñòâåííî
äîïîëíåííûé â 1972 ã. ïðè ïåðåñìîòðå êàê
êëàññèôèêàöèè, òàê è íîìåíêëàòóðû íåêîòîðûõ
ôåðìåíòîâ, ãäå ðÿäîì ñ íîâûì íàó÷íûì íàçâàíèåì
êàæäîãî ôåðìåíòà ïðèâåäåíî ñòàðîå, à òàêæå
óêàçàí õèìèçì êàòàëèçèðóåìîé ôåðìåíòîì ðåàêöèè
è â íåêîòîðûõ ñëó÷àÿõ ïðèðîäà ôåðìåíòà. Òàêèì
îáðàçîì, èñêëþ÷àåòñÿ âîçìîæíîñòü ïóòàíèöû â
íàèìåíîâàíèè ôåðìåíòîâ.  1964 ã. ñïèñîê âêëþ÷àë 874
ôåðìåíòà; â ïîñëåäóþùåå âðåìÿ îí áûë ñóùåñòâåííî
äîïîëíåí è âîçðîñ äî 1770 ôåðìåíòîâ â 1972 ã. è äî 2003
ôåðìåíòîâ â 1979 ã.
Êàæäîìó ôåðìåíòó â óêàçàííîì ñïèñêå ïðèñâîåí
èíäèâèäóàëüíûé íîìåð (øèôð). Íàïðèìåð, øèôð
óðåàçû âûðàæàåòñÿ öèôðàìè 3.5.1.5. Ýòî îçíà÷àåò, ÷òî
óðåàçà îòíîñèòñÿ ê 3-ìó êëàññó (ïåðâàÿ öèôðà)
ôåðìåíòîâ, âñå ïðåäñòàâèòåëè êîòîðîãî
êàòàëèçèðóþò ðåàêöèè ãèäðîëèçà. Âòîðàÿ öèôðà (5)
ãîâîðèò î òîì, ÷òî óðåàçà ïðèíàäëåæèò ê 5-ìó
ïîäêëàññó ýòîãî êëàññà, êóäà çà÷èñëåíû âñå
ôåðìåíòû, óñêîðÿþùèå ãèäðîëèç Ñ-N-ñâÿçåé, íå
ÿâëÿþùèõñÿ ïåïòèäíûìè. Òðåòüÿ öèôðà øèôðà (1)
óêàçûâàåò íà ïðèíàäëåæíîñòü óðåàçû ê
ïîäïîäêëàññó 5-ãî ïîäêëàññà, ÷ëåíû êîòîðîãî
óñêîðÿþò ãèäðîëèç ëèíåéíûõ àìèäîâ, à ïîñëåäíÿÿ
öèôðà (5) — ïîðÿäêîâûé íîìåð óðåàçû â ýòîì
ïîäïîäêëàññå.
Óïîìèíàâøàÿñÿ ðàíåå ëàêòàòäåãèäðîãåíåçà èìååò
øèôð 1.1.1.27, ò. å. îòíîñèòñÿ ê 1-ìó êëàññó ôåðìåíòîâ
(îêñèäîðåäóêòàçû), ê 1-ìó ïîäêëàññó
(îêñèäîðåäóêòàçû, äåéñòâóþùèå íà ÑÍ —
ÎÍ-ãðóïïèðîâêè â êà÷åñòâå äîíîðîâ àòîìîâ
âîäîðîäà), ê 1-ìó ïîäïîäêëàññó (àêöåïòîðîì àòîìîâ
âîäîðîäà ñëóæèò íèêîòèíàìèäà-äåíèíäèíóêëåîòèä)
è çàíèìàåò 27-å ìåñòî â ïåðå÷íå ôåðìåíòîâ
óïîìÿíóòîãî ïîäïîäêëàññà. Òàêèì îáðàçîì, øèôð
àáñîëþòíî òî÷íî óêàçûâàåò ìåñòî ôåðìåíòà â îáùåì
ñïèñêå.  íàñòîÿùåå âðåìÿ ïðèíÿòî â íàó÷íûõ
ïóáëèêàöèÿõ ïðè ïåðâîì óïîìèíàíèè ôåðìåíòà
óêàçûâàòü â ñêîáêàõ åãî øèôð.
|
